Vattenkvaliteten i sjöar och vattendrag klassificeras enligt två olika skalor: vattnets ekologiska status (hög, god, måttlig, otillfredsställande eller dålig) och vattnets kemiska status (god eller uppnår ej god). Grundvattnet klassificeras enligt två skalor: kvantitativ status (god eller otillfredsställande) och kemisk status (god eller otillfredsställande). Målet är att alla sjöar och vattendrag ska ha hög eller god ekologisk status och god kemisk status. Grundvattnet ska ha god kvantitativ status och god kemisk status. Målen var tänkta att uppfyllas senast år 2015, vilket bara delvis har uppnåtts. Mer information om miljökvalitetsnormer för vatten och statusklassningar av vatten finns hos Vattenmyndigheten för Bottenvikens vattendistrikt.
Av de klassificerade sjöarna i kommunen har alla utom två god ekologisk status (november 2022). Dessa två är Lillträsket och Östra Muskusträsket som båda har måttlig status. Problem med övergödning misstänks förekomma i Lillträsket. I Östra Muskusträsket läcker näring ut från bottensedimentet vilket fördröjer sjöns återhämtning efter att under lång tid ha varit övergödd. Länsstyrelsens vattenprovtagningar på senare år i Västra Muskusträsket visar att vattenkvaliteten i den sjön har kraftigt förbättrats. Vattenproverna visar dessutom att vattenkvaliteten har förbättrats även i Östra Muskusträsket. Västra Muskusträsket har numera god ekologisk status.
Lite mindre än hälften av vattendragen i kommunen har god ekologisk status och resten måttlig status. De vanligaste problemen i vattendragen är vandringshinder för fisk och de ofta drastiska rensningar och omdragningar av vattendrag som utfördes under flottningstiden. Inga svenska sjöar eller vattendrag uppnår kriterierna för god kemisk status, vilket främst beror på luftburna föroreningar (kvicksilver och polybromerade difenyletrar).
Grundvattnet i kommunen bedöms ha god kvantitativ status. Grundvattnet bedöms även ha god kemisk status, förutom kring Vidselbasens flygfält där grundvattnet bedöms ha för hög halt av PFAS.
Detaljerad information om vattenkvaliteten i sjöar, vattendrag och grundvatten finns i databasen VISS – Vatteninformationssystem Sverige.
Sveriges miljömål
Sveriges miljömål